Về cơ cấu, tổ chức bộ máy
Ủy ban nhân dân xã Vạn Phú gồm: 01 Chủ tịch UBND, 02 Phó Chủ tịch UBND, 01 Ủy viên phụ trách quân sự, 01 Ủy viên phụ trách công an.
Tổ chức bộ máy của Ủy ban nhân dân xã thực hiện theo Nghị định số 112/2011/NĐ- CP; Nghị định số 92/2009/NĐ-CP ngày 22/10/2009; Nghị định số 34/2019/NĐ-CP ngày 24/4/2019 của Chính phủ; Thông tư số 13/2019/TT-BNV, ngày 06/11/2019 của Bộ Nội vụ gồm các chức danh sau:
- Chủ tịch UBND phụ trách chung, chủ tài khoản, trực tiếp quản lý khối nội chính, các nguồn vốn đầu tư trên địa bàn xã, công tác cán bộ, cải cách hành chính, quản lý đất đai, quy hoạch và kế hoạch phát triển kinh tế - xã hội của địa phương.  
- Một Phó Chủ tịch UBND phụ trách lĩnh vực Kinh tế - Tài chính.
- Một Phó Chủ tịch UBND phụ trách lĩnh vực Văn hóa - Xã hội. 
- Một Uỷ viên UBND phụ trách công an.
- Một Uỷ viên UBND phụ trách quân sự.
- Công chức Văn phòng - Thống kê; Địa chính - Nông nghiệp - Xây dựng và Môi trường; Tài chính - Kế toán; Tư pháp - Hộ tịch; Văn hoá - Xã hội.
- Những người hoạt động không chuyên trách phụ trách các công tác sau: Tiếp nhận và trả kết quả, Bảo vệ rừng, Nội vụ - Dân tộc - Tôn giáo - Thi đua - Khen thưởng, Văn thư - Lưu trữ, Phó Trưởng Công an, Thú y, khuyến nông, kiểm lâm và những người hoạt động không chuyên trách ở thôn.
3: Thôn, Tổ dân phố
Xã Vạn Phú gồm có 06 thôn, cơ cấu tổ chức từng thôn như sau: 01 BT chi bộ thôn, 01 Trưởng thôn, từ 01phó thôn, 01 công an viên, 01 Trưởng ban công tác Mặt trận, chi hội trưởng Nông dân, chi hội trưởng phụ nữ, chi hội trưởng cựu chiến binh, Bí thư chi đoàn thanh niên, 01 thôn đội trưởng.
4. Đơn vị kinh tế - sự nghiệp
Xã Vạn Phú có 03 đơn vị Hợp tác xã Nông nghiệp, 03 Trường tiểu học, 01 Trường trung học cơ sở, 01 Trường mầm non và 01 Trạm y tế xã.