Xã Vạn Phú là xã đồng băng tiếp giáp với trung tâm huyện Vạn Ninh, tỉnh Khánh Hòa. Phía Đông giáp xã Vạn Thắng, phía Tây Nam giáp núi và xã Vạn Lương, phía Đông và Đông Nam giáp thị trấn Vạn Giã, phía Bắc giáp xã Vạn Bình.

Tổng diện tích đất liền tự nhiên 6.302,69 ha ( trong đó diện tích đất lâm nghiệp là 3.596,73 ha; diện tích đất sản xuất nông nghiệp là 1.288,89 ha; còn lại là đất phi nông nghiệp và đất chưa sử dụng). 

Xã vạn Phú có 3288 hộ với 12.550 nhân khẩu được chia ra 06 thôn: Phú cang 2, Phú Cang 2 nam, Phú Cang 1, Phú cang 1 bắc, Tân Phú và Vinh Huề.

Địa hình của xã thấp dần từ Tây Bắc xuống Đông Nam và có dạng lòng chảo. Địah hình núi có diện tích hơn 60% tổng diện tích tự nhiên, trong đó có 03 núi: Núi beo, Núi Chùa và núi Mấu, địa hình đồng bằng chiếm khoảng 40% tổng diện tích tự nhiên. Có 02 con sông: sông Đồng Điền và sông Hóc chim phục vụ cho sinh hoạt và sản xuất.

Khí hậu Vạn Phú nằm trong tiểu vùng khí hậu đồng bằng ven biển, mang đặc trưng của khí hậu nhiệt đới gió mùa, chịu sự ảnh hưởng của khí hậu đại dương nên tương đối ôn hòa.

Trong 2 cuộc kháng chiến chống thực dân Pháp và đế quốc Mỹ. Vạn Phú là vành đai bảo vệ trực tiếp căn cứ cách mạng Hóc chim, Hòn Dứa; có khu di tích lịch sử cấp quốc gia Đình Phú Cang được công nhận vào năm 1998 ( xây dựng cuối thể kỷ XVII); Chùa Long Sơn được công nhận di tích cấp tỉnh vào năm 2015 và 02 khu di tích lịch sử Hầm bí mật Nhà ông Trần Châu và ông Từ Quang Vỹ (Phú Cang 1).

Xã Vạn Phú có mạng lướt giao thông tương đối thuận lợi, có tuyến Quốc lộ 1A chạy qua địa phận xã dài gần 1km, có tuyến đường sắt xuyên việt đi qua được xây dựng trong những năm 1932-1935 với chiều dài gần 2km, có các tuyến đường liên thôn liên xã tạo điều kiện thuận lợi cho việc đi lại và trao đổi hàng hóa trong và ngoài địa phương. Là miền quê thanh bình không khí trong lành, nơi thu hút nguồn đầu tư phát triển về nông nghiệp, công nghiệp và du lịch ( Suối nước hooc chim và suối khoáng nóng).