Từ khi khởi dựng đến nay, chùa đã trải qua 6 đời trụ trì: Tổ sư Như Đạt (Hoằng Thâm), Tổ sư Thị Hán, Tổ sư Thị Diệu, Tổ sư Thị Thành, Tổ sư Như Lý và từ năm 2000 đến nay, trụ trì là TT Thích Thường Tín, đệ tử xuất gia của HT Thích Tịnh Diệu, Tổ Đình Giác Hải, Vạn Ninh.
Chùa Long Sơn là di tích lưu niệm Bồ tát Thích Quảng Đức khi ngài đến xuất gia và tu học với Hòa thượng Thích Hoằng Thâm từ năm 1903 đến khi làm Trị sự chùa Long Sơn năm 1921.
Hòa thượng Thích Quảng Đức, thế danh Lâm Văn Tuất, sinh năm 1897 tại thôn Hội Khánh, xã Vạn Khánh, huyện Vạn Ninh, tỉnh Khánh Hòa. Năm lên 7 tuổi, Ngài được song thân cho xuất gia thụ giáo với Hòa thượng Như Đạt (là cậu ruột – người anh thứ ba của mẹ), thuộc dòng Thiền Chúc Thánh,Ngài được Hòa thượng nhận làm con và chính thức đổi tên họ là Nguyễn Văn Khiết
Nhận được sự giáo hóa của Tổ Hoằng Thâm, Ngài cũng được chỉ dạy về các phương pháp tu luyện theo Mật giáo. Lúc ở chùa Long Sơn ngoài việc học tập kinh điển, những bản Ngữ lục Thiền tông, những tư tưởng của các bậc thiền sư nổi tiếng trong dòng phái như Tổ Pháp Thân – Minh Đạo, Tổ Quang Nhật – Minh Đài…Ngài còn tham gia lao động làm ruộng vườn và chăn nuôi trâu bò.
Năm 15 tuổi, Ngài thọ giới Sa di; năm 17 tuổi, được gửi vào chùa Linh Sơn ở Cam Ranh học thiền với thiền sư Thiện Tượng;, năm 20 tuổi, thọ giới Tỳ kheo, pháp danh Thị Thủy, pháp tự Hạnh Pháp, pháp hiệu Quảng Đức. Khi thọ giới xong, Ngài phụ trách nhiệm vụ Tri sự chùa Long Sơn[3] để giúp cho Bổn sư của mình lúc ấy đã già.
Khi bổn sư viên tịch vào năm 1921 và thọ tang xong, Ngài phát nguyện nhập thất tu ba năm trên ngọn núi Đất ở Ninh Hòa. Sau đó, Ngài rời núi Đất, vân du hóa đạo một mình với chiếc bình bát theo hạnh đầu đà.
Sau nhiều năm hóa độ chúng sinh, kế tục các thế hệ Tổ sư truyền giáo, chăm lo tô bồi công đức, hoằng dương chánh pháp, năm 1953, Ngài được thỉnh cử vào chức vụ Phó Trị Sự và Trưởng ban Nghi lễ Giáo hội Tăng già Nam Việt; đồng thời, lãnh nhiệm vụ Trụ trì chùa Phước Hòa ở Bàn Cờ, là nơi đặt trụ sở đầu tiên của Hội Phật học Nam Việt.
Năm 1963, trong phong trào đấu tranh của Phật giáo miền Nam đòi tự do tín ngưỡng, bình đẳng tôn giáo, tuy tuổi đã già, Ngài vẫn tích cực tham gia. Chính sách kỳ thị tôn giáo và đàn áp Phật tử của Ngô Đình Diệm ngày một nặng nề và khốc liệt. Để thức tỉnh ông Ngô Đình Diệm và tập đoàn của ông đang đắm chìm trong vô minh, đồng thời để cho thế giới nhận thấy cuộc đấu tranh đòi tự do tín ngưỡng của Phật tử Việt Nam là chính đáng, Ngài đã quyết định thiêu đốt nhục thân để cúng dường chư Phật và bảo vệ đạo pháp.
Ngày 11/6/1963, trong cuộc diễu hành của trên 800 vị Thượng tọa, Đại đức, Tăng Ni và Phật tử từ chùa Phật Bửu đến chùa Xá Lợi, khi đoàn diễu hành đến ngã tư đường Phan Đình Phùng và Lê Văn Duyệt (nay là đường Nguyễn Đình Chiểu và Cách Mạng Tháng Tám), Ngài tự tẩm xăng, ngồi kiết già trên mặt đường và châm lửa giữa hàng trăm Tăng Ni, phật tử xung quanh chắp tay cầu nguyện. Khi lửa tàn, Ngài ngã xuống, tay vẫn còn quyết ấn Tam Muội.
Nhục thân của Ngài được rước về quàn tại chùa Xá Lợi hơn một tuần lễ. Đến ngày 20/6/1963, Ủy ban Liên phái Bảo vệ Phật giáo cùng tất cả Tăng Ni và phật tử tổ chức lễ rước đưa về An dưỡng địa, cử hành trọng thể lễ Trà tỳ.
Để ghi nhớ công hạnh của Ngài, năm 1964 Giáo hội Phật giáo Việt Nam Thống nhất suy tôn Ngài pháp vị Bồ Tát. Sau ngày đất nước thống nhất, Nhà nước đặt tên cho đường Nguyễn Huệ cũ chạy qua trước chùa Quan Thế Âm là đường Thích Quảng Đức – quận Phú Nhuận.
Trong những năm hành đạo, Ngài đã khai sơn và đại trùng tu được 17 ngôi chùa. Cảnh chùa cuối cùng Ngài trú trì là chùa Quan Thế Âm tại Gia Định – Sài Gòn. Như vậy, Ngài đã có công xây dựng và trùng tu tất cả 31 ngôi chùa ở miền Trung và miền Nam Việt Nam. Trong đó, riêng Khánh Hòa có 14 ngôi chùa có liên quan đến cuộc đời của Bồ tát Thích Quảng Đức.
Hàng năm, chùa Long Sơn tổ chức những ngày lễ lớn như sau:
– Lễ Phật đản (Rằm tháng Giêng Âm lịch);
– Lễ Phật đản (Rằm tháng Tư Âm lịch);
– Lễ Vu Lan (Rằm tháng Bảy Âm lịch);
– Lễ ngày 19 tháng Tư Âm lịch Kỷ niệm ngày Bồ tát Thích Quảng Đức vị pháp thiêu thân;
– Lễ kỵ tổ khai sơn (ngày 23 tháng 11 âm lịch).
Với những giá trị lịch sử tiêu biểu trên, chùa Long Sơn đã được Ủy ban nhân dân tỉnh Khánh Hòa ban hành Quyết định số 2732/QĐCT-UBND, ngày 30/9/2015 xếp hạng là di tích lịch sử – văn hóa cấp tỉnh.