Xã Vạn Phú là xã đồng bằng tiếp giáp cách trung tâm huyện Vạn Ninh khoảng 2km đi về phía Tây. Tổng diện tích đất liền tự nhiên 6.302,69 ha ( trong đó diện tích đất lâm nghiệp là 3.596,73 ha; diện tích đất sản xuất nông nghiệp là 1.288,89 ha; còn lại là đất phi nông nghiệp và đất chưa sử dụng. 
Hệ thống giao thông đường bộ được bê tông hóa và nhựa cứng 98%, là địa bàn có tuyến đường sắt Bắc Nam đi qua; hệ thống giao thông được liên thôn, liên xã tạo điều kiện thuận lợi trong việc lưu thông và trao đổi hàng hóa của người dân trong xã và ngoài xã hướng đến phát triển kinh tế- xã hội.
Xã Vạn Phú với hệ sinh thái tự nhiên, hoang dã thuộc loại quý hiếm đã tạo điều kiện thuận lợi để phát triển thành khu du lịch sinh thái núi rừng xinh đẹp nhất trong khu vực. 
Hiện nay, xã Vạn Phú đang dần thay đổi về diện mạo qua Chương trình mục tiêu quốc gia xây dựng Nông thôn mới. Do địa hình phong phú, đa dạng nên việc quy hoạch phát triển các cac ngành nghề tạo điều kiện giải quyết lao động ở nông thôn nhằm từng bước ổn định đời sống nhân dân; đảm bảo an ninh chính trị, trật tự an toàn xã hội trên địa bàn.